洞穴通常是指在岩層裏自然形成,可供人類通行的裂隙。最常見也最具有觀光價值的是在石灰岩中因溶蝕作用而形成的溶洞,例如廣西桂林、美國德州,都擁有吸引眾多遊客、令人目眩神迷的地下石灰岩溶洞。這些石灰岩溶洞屬於喀斯特地形的一類,主要由地下水的溶蝕作用而形成。世界上目前已知長度最長的洞穴是北美阿帕拉契山脈瑪猛 (Mammoth)洞,洞深為64公里,若是將所有的岔洞連接起來,更可長達250公里。
石灰岩地層容易形成溶洞的原因是由於其成分主要為碳酸鈣(CaCO3)。碳酸鈣在有水及二氧化碳的環境下便會發生化學反應,產生碳酸氫鈣【Ca(HCO3)2】,而後者可溶於水,在地下深處有一定壓力時的溶解度更大。當雨水下落時,會因接觸並溶解大氣與土壤中的二氧化碳而呈微酸性,這些微酸性的雨水滲入石灰岩地層的裂縫後,上述的溶解反應便開始作用,進而形成互相連結的孔道網路。
一旦孔道的規模擴大到某個程度,地面的溪流河水就可能經由這些孔道轉往地下流動,使得溶蝕的速率更加快速,沖涮出大型的豎井瀑布。這些從豎井下落的地下水抵達含水層後,由於順著含水層橫向流動溶蝕,進而形成彎彎曲曲的坑道,這些坑道便稱為「溶洞」。當溶洞繼續生長擴大,坑頂失去支撐致使岩塊墜落,會造成巨大的岩穴。而當地層發生階段性擡升,或是地下水面階段性下降時,更可以接續產生高低數層相通的溶洞。
通常溶蝕作用會在飽和的地下水位面下進行,而在地下水位面上富含空氣的狀態下,滲流的地下水則會在已經擡升離開地下水位面的溶洞中沉澱出各式各樣奇形怪狀的碳酸鈣沉澱物(鈣華),泛稱為洞穴岩(Speleothems)。這過程是因為當含鈣離子的地下水在流動中失去壓力,成份發生變化,或是濃度因蒸發作用而提高時,有一部份的鈣就會以碳酸鈣的堆積物型態沉澱下來。碳酸鈣沉澱的速率受許多因素的影響,例如地下水的流量、流速、酸鹼度與礦物質溶解量、洞內的溫度與溼度等等。在乾季時沉澱速率可能接近為零,條件適合時,沉澱速率則快得多。
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